Para programar el PIC18F4550 con la tarjeta MICROPIC4550, PICKIT 3 y el IDE de MPLAB es muy sencillo solo hay que configurar el PICKIT 3 para que los reconozca MPLAB.
Sigue los pasos que se explican en el siguiente video de apoyo:
La tarjeta UNIT MICROPIC4550 cuenta con una interfaz USB que sirve como puerto de alimentación así como para cargar .Hex por este medio, para poder llevar acabo esta función se tienen que cargar el Bootloader USB al PIC18F4550 para que este pueda ser programado por USB, ya que e lo contrario necesitaras el PICKIT 3 para programarlo por ICSP o con la ayuda de otro programador de PICs.
Para cargar el Bootloader USB consulta el siguiente tutorial: